Sjálfstæðisflokkurinn skilaði ársreikningi sínum fyrir árið 2016 til Ríkisendurskoðunar hinn 29. september.  Umsvif í rekstri flokksins voru talsverð á árinu 2016 enda kosið til Alþingis auk þess sem haldnir voru tveir flokksráðsfundir.  Þrátt fyrir mikil umsvif var hagnaður samstæðunnar, sem nær yfir sameiginlegu flokksskrifstofu, kjördæmisráð og undirfélög, rúmar sex milljónir króna. Rekstur sameiginlegrar skrifstofu flokksins var í jafnvægi.

Þegar árið 2013 var gripið til ráðstafana með það fyrir augum að vinna á skuldum á komandi árum.  Unnið hefur verið að hagræðingu í rekstri auk þess sem lögð var áhersla á að reka sem hagkvæmasta kosningabaráttu.  Árið 2015 voru settar fjármálareglur til að tryggja að innri rekstur flokksins sé í jafnvægi á hverju fjögurra ára tímabili auk þess sem skulda flokksins voru endurfjármagnaðar.